内蒙古地处蒙古高原，地域辽阔，生态环境多样，孕育了得天独厚的物种资源和天然草原，本学科根据当前生物学领域的发展趋势并结合当地实际，本着区域生物质能源的利用、生态环境保护、资源合理利用、农牧业健康持续发展的宗旨，以微生物学理论和技术在农牧业领域广泛应用为特色的团队建设方针，在应用微生物学领域形成明显的优势。该学科经过长期建设，形成3个特色鲜明的方向：
1、资源与环境微生物
运用现代微生物学及分子生物学手段，针对内蒙地区及寒旱区特殊生态环境条件下的微生物资源，以促进该区域经济发展和改善生态环境中有益微生物的合理利用和有害微生物的长效防治为切入点，理论上研究该区域特有的极端环境下的植物促生、光合、纤维降解、土壤改良和生态恢复等功能微生物的分布、多样性、生理生态功能；运用微生物学、基因工程、分子生物学和生物化学理论和技术，对功能微生物进行分离、鉴定；探索功能微生物的作用机制。对其功能微生物进一步的进行挖掘，开发农作物促生菌肥、生物防治菌剂、林木菌根菌剂、土壤改良剂、饲料添加剂及功能成分的应用生产技术，并在马铃薯、玉米、燕麦和林木种植中应用。学科初步形成理论、技术和应用相结合的学科优势。
2、微生物分子生物学
利用微生物及分子生物学的理论和技术来筛选内蒙地区及寒旱区植物生长促进、生物防治病虫害以及乳品发酵的有益微生物，探究这些微生物的功能基因、功能成分及其作用机理和代谢机制。
3、应用与环境微生物
以农林植物为材料，根据中国北方旱、寒等环境特点，研究资源化利用途径、技术，筛选、鉴定高效生物转化效率菌种，研究生物转化机理，探讨生物改造途径。
学术队伍
目前学科队伍有7人，教授3人，副教授3人，讲师1人，6人具有博士学位，博士生导师2人，硕士生导师5人。
学术成果
主课各级课题项目17项，合计经费500多万元，人均经费 17万元；在研项目10项，经费150多万元，人均经费43万元。发表文章67篇，其中SCI收录815，EI收录1篇，核心期刊24篇。授权得国家发明专利1项。
